Elle constitue la plus grande part des déchets liquides du métabolisme de l'organisme des vertébrés.
L'urine est sécrétée par les reins par filtration du sang, puis par récupération des molécules de l'urine « primitive » pour former l'« urine définitive ». Cette dernière est expulsée hors du corps par le système urinaire. L'élimination d'urine par la vidange de la vessie est appelé miction. Contrairement à ce qui a longtemps été admis, l'urine n'est pas stérile.
De nombreux produits chimiques inhalés ou ingérés ou intégrés par passage cutané dans l'organisme peuvent être ensuite détectés par analyse d'urine, sous forme de molécule mère et/ou de métabolites, de même que certaines molécules indicatrices d'un état pathologique (albumine par exemple).
Le composant principal de l'urine est l'eau, avec l'urée en principal déchet azoté. Dans une autre mesure, un autre déchet très important de notre métabolisme, la créatinine, est dosé, à la fois dans le sang et dans l'urine, afin d'évaluer la fonction rénale chez l'être humain. Bien au-delà du taux d'urée, c'est essentiellement la clairance de la créatinine qui déterminera si un individu présente ou non une insuffisance rénale, et permettra d'en quantifier la sévérité.